Целью исследования было изучение фенотипа и аллюра кыргызских лошадей, свойственных данной популяции. Представлен анализ особенности мастей кыргызских лошадей, приспособленных к существованию в экстремальных условиях высокогорья. По результатам проведённой работы установлено, что в процессе эволюции под воздействием природно-климатических факторов сформировались определённые масти, свойственные популяции кыргызских лошадей: основной массив поголовья (55,3 %) имеет тёмные масти (гнедую, вороную и тёмно-буланую). Установлено также, что у 58,2 % поголовья отсутствуют отметины, а у 41,8 % лошадей выявили от трёх и более отметин. Средний процент наличия аллюров у кыргызских лошадей составляет: иноходи - 35,7 %, ускоренного быстрого шага - 27,6 %, что обусловлено влиянием многовекового естественного и искусственного отбора.